Noch ahnt keiner, dass in Tokyo eine neue Katastrophe unmittelbar bevorstehet. Es ist nicht lange her, dass in der Stadt ein heimtückischer Terroranschlag vereitelt wurde. Den Sieg haben die Polizisten der legendären Labor-Division errungen: die SV2, Zweite Abteilung für Spezialvehikel, mit ihrem altgedienten Polizeiroboter AV 98 INGRAM. Doch dann wird durch einen überraschenden Raketenangriff die grosse Regenbogen-Brücke zerstört und das Land erneut in Angst und Schrecken versetzt. Es ist ernst, denn die Polizei erkennt schnell, dass die Raketen von der Maschinenkanone des Kampfhubschraubers ,,Grey Ghost" abgefeuert wurde. Vor einigen Tagen ist dieser spurlos verschwunden - und mit ihm eine der fähigsten Pilotinnen des Landes. Ist das das Werk einer neuen Terrorzelle? Die Zeit drängt.
Die Handlung entfaltet sich in einer dystopischen Zukunft, in der gigantische Roboter, genannt Patlabor, die Straßen von Tokyo patrouillieren. Als eine Serie von mysteriösen Angriffen die Stadt erschüttert und politische Unruhen auslöst, werden die Patlabor-Einheiten auf eine gefährliche Mission geschickt, um die Wahrheit hinter den Vorfällen aufzudecken.
Durch eine Mischung aus atemberaubenden Spezialeffekten, packenden Verfolgungsjagden und politischen Intrigen entfaltet sich die Geschichte von 'The Next Generation: Patlabor - Tokyo War' zu einem fesselnden Sci-Fi-Thriller, der die Zuschauer bis zum Schluss in Atem hält.